1、经费来源不同。民办专科：由社会集团、集体和个人投资自负盈亏，属于国家高等教育体系有益补充的一种教育体制。公办专科：由国家拨款辅助，属于我国教育体制中的主要形式。
2、招生不同。民办专科：一般是在高考生进入高考期后，会由本校派人直接到各地招收学员，由于不同学校，所以在招生时选拔学生的方法也不同，但有个别民办大专也会进入普通高考的录取。公办专科：该招生是由各当地教委抽取建档线以上，才可以直接进入高等院校学习深造。
3、学费不同。民办专科：主要是以盈利为目的，所以民办学校的学费会贵一点。公办专科：由国家或地方财政拨款，学费也是由当地物价局审定，所以一般不会太高。
4、对学生关心程度不同。民办专科：工资一般是通过学费来发放的，因此为了更多的学生入学，所以他们在教学上肯定会更倾向于学生。公办专科：由于是国家拨款，一般对工资的需求不会太高，因此对学生的关心程度也会比民办学校低一点。
5、师资力量。民办专科：主要是以聘请制来招聘教师，师资的水平参差不齐，而且除了部分资金雄厚的学校外，很多民办学校的教学设施设备都还不完善。公办专科：教师入职和管理会比较严格，更注重教学的质量，而且学校的各项设备设施也都较完善。
6、从政策来看。民办专科：它的学费比较高，由于是个人或企业资金办学，所以一般是不会享受扶持政策。公办专科：在数量和办学规模上，都大大超过民办学校，公办的学费一般也比较低，而且有部分地区的公办学校会按照当地政策实行免费教育，可以享受国家的相关扶持政策会更多。
7、从管理来看。民办专科：由于招生范围很广泛，一般入学条件不会特别高，对导致生源素质比较杂，所以管理起来较困难。公办专科：管理会比较规范和严格，而且上级管理比较多。
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