（一）出院结算同步赔付（也叫做即时结算）从2017年1月1日起，因病在当地的二甲医院或定点医院出院结算的病人，可直接在医院收费窗口由医院垫付大病保险赔付资金。病人出院时自动依据新农合大病保险来报销，不用再像以前一样另外办理报销手续。
（二）出院结算不同步赔付（非医院窗口即时结算）对于2017年1月1日至12月31日之间符合新农合大病保险的病人，还内有进行即时结算办理的病人（通常这样的情况是在二甲以下医院或其它地方的医院治疗的患者）：将所需提交的资料备齐后直接到各地的新农合（医保）服务大厅办理理赔手续。保险公司将会同当地主管部门对本年度符合理赔范围的参合对象进行清理，并逐一告知到参保者本人。
参合对象办理理赔时需提交以下资料：银行卡复印件；身份证复印件；新农合医疗费用结算单；总费用高于10万元、由于意外伤害住院和异地就医的参合对象还需提供医疗费用明细清单、出院小结复印件及发票原件（意外伤害住院基本医疗保额以内无须发票）。
新农合的大病保险一般都会有一个报销范围，只有符合要求的人，才可以按照流程来申请报销，凡是在参保当地二甲医院或定点医院出院结算的，可以由医院垫付大病保险赔付资金，然后出院后，就可以到参保单位申请报销了。在有限的报销时间内，要准备好户口本、身份证、新农合参合缴费票据、住院发票、费用清单等报销的凭证，资料通过审核后，就会加盖新农合重大疾病诊治专用章，这样就可以获得对应的报销补偿了。而且不同的医院可以报销的比例也是不一样的，不同的疾病也会按照疾病的对应补偿比例进行报销补偿。
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